ساختمان نامناسب، کمبود بیمار و گرانی تعرفه‌های خدمات، نداشتن هیئت علمی و کلینیک ویژه‌، کمبود مواد و تجهیزات و وعده‌های محقق نشده مسئولان دانشگاه درسال‌های گذشته مهم‌ترین مشکلات دانشکده دندانپزشکی دانشگاه علوم‌پزشکی هرمزگان است.